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中国科学院北京基因组所等开发基于深度学习模型的空间转录组精细分辨率细胞注释算法（图）
基因 模型 空间 细胞
2024/11/7
细胞在组织和器官内的空间位置与其功能相关。新兴的空间转录组技术能够在组织中原位捕获转录信息，为解析基因表达谱从而解码细胞空间分布、破译组织的空间结构、探讨复杂的生物学功能提供了条件。
细胞在组织和器官内的空间位置与其功能紧密相关。新兴的空间转录组技术能够在组织中原位捕获转录信息，为研究人员解析基因表达谱从而解码细胞空间分布、破译组织的空间结构、理解复杂的生物学功能提供了条件。
中国科学院动物所研发出全转录组可编程智能测序新技术（图）
智能 分子 细胞
2024/10/24
真核生物的转录组由大量蛋白编码mRNA、非编码RNA和环形RNA等多种分子组成，具有高度的复杂性和多样性。因此，如何在庞大而复杂的转录组中高效、精准地检测目标转录本，成为当前生命科学与医学研究的重要挑战。传统的靶向转录组检测方法需要在测序前通过探针捕获或实验富集且操作繁琐，常常无法保留样本中的全部转录组信息，导致文库用途受限，难以用于大规模整合分析，制约了靶向转录组研究的应用场景。
中国科学院动物研究所赵方庆团队建立复杂转录组智能实时测序新技术（图）
赵方庆 智能 检测 分子
2024/11/6
真核生物的转录组由大量蛋白编码mRNA、非编码RNA和环形RNA等多种分子组成，具有高度的复杂性和多样性。因此，如何在庞大而复杂的转录组中高效、精准地检测目标转录本，成为当前生命科学及医学研究中的一个重要挑战。传统的靶向转录组检测方法需要在测序前通过探针捕获或实验富集，操作繁琐，且常常无法保留样本中的全部转录组信息，导致文库用途受限，难以用于大规模整合分析，极大制约了靶向转录组研究的应用场景。
中国科大揭示细胞更新转录调控新机制（图）
细胞 分子 肿瘤
2024/10/11
2024年9月9日，中国科学技术大学教授刘行、教授姚雪彪和研究员王志凯，在《细胞报告》（Cell Reports）上在线发表了题为Dynamic phosphorylation of FOXA1 by Aurora B guides post-mitotic gene reactivation的研究文章。该研究发现了书签标识因子FOXA1在细胞有丝分裂期过程中DNA结合模式转变的磷酸化调控机制以及...
2024年9月27日， Science期刊在线发表了题为“Cross-species single-cell spatial transcriptomic atlases of the cerebellar cortex ” 的研究论文，该研究成果由中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心（神经科学研究所）联合杭州华大生命科学研究院、上海脑科学与类脑研究中心、中国科学院遗传进...
中科院上海免疫与感染研究所王程远研究组合作揭示古菌因子依赖型转录终止分子机制（图）
王程远 分子机制 解析 聚合酶
2024/10/11
2024年9月25日，中国科学院上海免疫与感染研究所王程远研究组、美国罗格斯大学Richard Ebright团队及科罗拉多州立大学Thomas Santangelo团队合作在Nature上发表了题为“Structural basis of archaeal FttA-dependent transcription termination”的研究论文，该研究解析了古菌FttA因子依赖型转录终止复合...
中科院上海分院基于微扰转录组知识图谱嵌入的化合物-蛋白质相互作用预测（图）
知识 蛋白质 分析
2024/10/11
2024年9月19日，中国科学院上海药物研究所郑明月课题组在Cell Genomics期刊发表题为“Identifying compound-protein interactions with knowledge graph embedding of perturbation transcriptomics”的研究论文。该研究提出基于知识图谱的计算模型PertKGE，以数据驱动的形式从微扰转录组数...
科学家揭示细胞更新转录调控新机制
细胞 细胞报告 前列腺癌
2024/9/26
中国科学技术大学教授刘行、姚雪彪，研究员王志凯合作，发现了书签标识因子FOXA1在细胞有丝分裂期过程中DNA结合模式转变的磷酸化调控机制，以及FOXA1转录凝聚体的形成与功能发挥的分子基础。2024年9月13日，相关研究成果在线发表于《细胞报告》。
中国农业科学院深圳农业基因组所黄三文团队绘制豆科植物根瘤发育的时空转录图谱（图）
基因 黄三文 植物 发育
2024/8/18
合成氮肥作为保障全球粮食安全的基石，其生产量随着人口膨胀而持续增长。然而，这一进程伴随着高昂的能源消耗与不容忽视的环境问题。鉴于此，寻求绿色、高效的氮肥替代方案已成为推动农业可持续发展的紧迫任务。其中，改造利用豆科植物的共生结瘤固氮能力具有巨大的开发潜力。
中国科学院广州分院黏连蛋白复合体阻止跨结构域基因的共转录过程（图）
蛋白复合体 结构 基因
2024/8/16
基因组三维结构研究是当前基因调控领域的研究热点。在过去10年里，4D Nucleosome等研究项目的实施，虽然详细阐明了基因组三维结构的折叠机理及其分子调控机制，并且发现了基因组局部结构的变化可以影响相关基因的转录与表达，但对基因组三维结构的生物学功能却还不清楚。具体来说，基因组的三维结构对于基因转录是否存在一个普遍性的调控机制还不为人知。
中国科学院遗传发育所绘制冬小麦春化建立、维持和重置过程中的转录及染色质动态图谱（图）
遗传发育 过程 植物
2024/7/18
春化是指植物需要经历长时间的低温处理才能开花的现象，能够保证越冬植物在合适的光温条件下进行生殖生长，从而确保产量。小麦根据春化的需求分为需要经历春化才能开花的冬性小麦和不需要经历春化便能开花的春性小麦。研究小麦春化以及春化调控机制，对提高小麦品种的适应性具有重要意义。
春化是指植物需要经历长时间的低温处理才能开花的现象，能够保证越冬植物在合适的光温条件下进行生殖生长，从而确保产量。小麦根据春化的需求主要分为需要经历春化才能开花的冬性小麦和不需要经历春化就能开花的春性小麦。对小麦春化进行研究，了解春化调控的机制，对提高小麦品种的适应性具有广泛意义。
提高产量和改善品质是小麦育种工作的核心宗旨之一，这不仅是保障粮食稳定供给的基石，也积极回应了社会对于高质量农产品日益增长的需求。胚乳是小麦籽粒的主要养分储存器官，是面粉的主要来源。储藏蛋白和淀粉是胚乳的主要组分，二者的平衡直接影响着小麦的产量和品质。调控胚乳发育是提高作物产量、改善品质的重要策略。阐明小麦胚乳发育过程中的转录调控网络，挖掘影响小麦胚乳发育的关键调控因子，对解析小麦产量和品质形成的分...
